מרכז יעקב הרצוג ללימודי יהדות הוקם על ידי תנועת הקיבוץ הדתי ומנוהל על ידה. המרכז יושב זה למעלה משלושים שנה בקיבוץ עין צורים שבבקעת שפיר ומצמיח תכניות מגוונות בתחום התרבות היהודית לאנשי ונשות המושבים, הקיבוצים והערים בדרום הארץ. חזון המרכז הוא להפוך את התרבות היהודית למרכז משותף ומלכד של כלל החברה הישראלית, למעיין נובע המזין שורשים ומצמיח עוד ועוד ענפים ועלים של תרבות יהודית חיה ותוססת, ברמה האישית, הקהילתית והחינוכית.
מרכז הרצוג מפעיל תוכניות בעלות אופי קהילתי על מנת לחזק את החוסן הקהילתי מתוך חיבור למורשת היהודית, הישראלית והמקומית. במרכז מופעלות תוכניות לימוד שנתיות לאזרחים ותיקים מרקעים שונים, הכוללות קורסים בלימודי ארץ ישראל, הכרת קהילות יהודיות ברחבי העולם וכן סדרות איכות בהיסטוריה, ספרות, תנ"ך ועוד. בנוסף מופעלות על ידי מרכז הרצוג תוכניות לימוד והעצמה לנוער בכפרי נוער ובקהילות דרומיות, בתחום זהות ותרבות יהודית, בהנחיה מגוונת של מנחים מעולים.
במרכז הרצוג יושבות מכינת צהלי ומדרשת רוני – מכינה ומדרשה קדם־צבאיות לבנות דתיות, בהן לומדות עשרות צעירות מדי שנה לפני הגיוס לצבא או אחריו. בשנים האחרונות הקים הוועד המנהל של מרכז יעקב הרצוג את עמותת 'יהדות לכול', שמאפשרת לו להרחיב את פעילותו. שתי העמותות פועלות יחד לקידום החזון והגשמת המטרות של המרכז.