מוסדות החינוך והלימוד של התנועה הוקמו לאורך השנים כאשר התנועה זיהתה צורך שלא היה לו מענה. מוסדות אלו מוציאים מידי שנה בוגרים ובוגרות שפועלים במסגרת השירות הצבאי ומאוחר יותר - במגזר האזרחי באופן המבטא את הערכים אותם ספגו בעת שהותם במוסדות אלו.
מדרשת עין הנצי"ב שהוקמה על ידי תנועת הקיבוץ הדתי, היא המדרשה הראשונה לנשים בארץ. המדרשה דוגלת בערך השילוב בין לימוד תורה מעמיק, מחויבות להלכה, העצמה נשית ופתיחות מחשבתית.
מכינת צהלי הוקמה במטרה ללוות מקרוב בוגרות אולפנה ותיכונים דתיים שבוחרות לשרת בצה"ל, ומעוניינות להכשיר עצמן לקראת שירות משמעותי בצבא.
מדרשת רוני נוסדה בשנת תשע"ח במטרה להרחיב את פעילותה החינוכית של צהלי. המדרשה מיועדת לנערות לפני גיוס המעוניינות להעמיק בעולם בית המדרש
מכינת 'רוח השדה' הוקמה כמענה לקבוצה הולכת וגדלה של צעירים דתיים המבקשים להעמיק את חיבורם לתורה, קיום מצוות ושמירת ההלכה
מרכז יעקב הרצוג ללימודי יהדות הוקם על ידי תנועת הקיבוץ הדתי ומנוהל על ידה. המרכז יושב זה למעלה משלושים שנה בקיבוץ עין צורים שבבקעת שפיר ומצמיח תכניות מגוונות בתחום התרבות היהודית
מכינה יונתן היא מכינה ציונית- דתית לבנים ובנות, שהוקמה על ידי הקיבוץ הדתי והיא יושבת בקיבוץ עלומים המכינה משלבת תורה, עבודה קיבוצית וחברתית ועשייה קהילתית – התנדבותית
'בת עמי' מבית 'אלומה' פועלת לקידום שינוי חברתי, ערכי הערבות ההדדית והצדק החברתי על ידי הפעלת מתנדבים בתוכניות של הכנה לשירות, תכניות של שירות לאומי-אזרחי והמשך ליווי אחרי שירות.
אלומה הוקמה על ידי תנועת הקיבוץ הדתי מתוך מחויבת לקיומה ושגשוגה של מדינת ישראל כמדינה יהודית ודמוקרטית. זאת כנגזר מתפיסת עולמה של התנועה, הדוגלת ומתנהלת לאורם של ערכי "תורה ועבודה".
תנועת הקיבוץ הדתי הקימה ששה כפרי נוער שנועדו לתת מענה לנוער עולה בשנותיה הראשונות של המדינה. ששת כפרי הנוער קיימים עד היום ובכל אחד מהם יושב בדירקטוריון נציג התנועה
ישיבת מעלה גלבוע מדגישה את המחויבות כלפי החברה הישראלית והעם היהודי ואת החובה לפתיחות מחשבתית ולמוסריות אנושית.
